Die Provinz Jujuy liegt ganz im Nordwesten Argentiniens und hat gemeinsame Grenzen mit Chile und Bolivien. Salta ist die einzige argentinische Nachbarprovinz von Jujuy. Im Nordwesten befindet sich zwischen den beiden Hauptkämmen der Anden die Hochwüste namens Puna auf 3.500-4.000 Metern Höhe. Östlich davon liegt die Region der Hochtäler mit der Quebrada de Humahuaca und dem Valle Grande.

Im Südosten findet man die mit niedrigen Bergketten durchzogene feuchte Nebelwald-Region der Yungas, die jedoch fast vollständig von eher langweiliger Kulturlandschaft mit Soja und Zuckerrohr geprägt ist. Nur noch wenige Inseln des ursprünglichen Waldes sind als Nationalpark geschützt und schwer zugänglich.